ガマ星雲第58番惑星「ケロン星」から地球(地球外の全宇宙人の呼称はポコペン)の侵略を目的に軍隊が派遣された。その先発隊として隊長・ケロロ軍曹、機動歩兵・ギロロ伍長、暗殺兵・ゼロロ兵長(後にドロロと改名)、突撃兵・タママ二等兵、作戦通信参謀・クルル曹長の5人の兵士からなる宇宙侵攻軍特殊先行工作部隊・ケロロ小隊が地球に降り立った。
しかし、地球に降り立つ際に5人は散り散りになってしまう。隊長であるケロロ軍曹は、はぐれてしまった仲間たちを探し出し小隊の立て直しを図るべく一軒の民家・日向家に潜伏するが、偶然にもそこに住むポコペン(地球)人の日向夏美とその弟冬樹に発見・あっさりと捕獲されてしまい、秘密裏に進めるはずだった地球侵略は失敗に終わる。本隊は彼ら先発隊の5人を残して撤退してしまった。こうして地球に取り残された5人のケロン人は、侵略するはずの相手と同居するという奇妙な生活を始めることとなる。
初めは5人がバラバラに暮らしていたが段々とケロロの元へ集結し遂に5人全員が揃う。その途中、アンゴル族のヒト型宇宙人の少女・アンゴル＝モアまでもが日向家に居候し始め、日向家はますます大混乱。変わりに変わった日向家でのさらにへっぽこな日々が続くことになる。
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